1、第一检察部
主要职责：负责对法律规定由各人民检察院办理除第二检察部承办的案件以外的刑事案件的审查逮捕、审查起诉、出庭支持公诉、抗诉，开展相关立案监督、侦查监督、审判监督以及相关案件的补充侦查。依法对侦查和审判阶段的羁押必要性进行审查。开展未成年人司法保护和预防未成年人犯罪工作。办理各人民检察院管辖的相关刑事申诉案件。
2、第二检察部
主要职责：负责对法律规定由各人民检察院办理的破坏社会主义市场经济秩序犯罪案件、破坏生态资源类犯罪案件的审查逮捕、审查起诉、出庭支持公诉、抗诉，开展相关立案监督、侦查监督、审判监督以及相关案件的补充侦查。依法对侦查和审判阶段的羁押必要性进行审查。负责由上级院指定管辖的职务犯罪案件的审查起诉、出庭支持公诉、抗诉，开展相关审判监督以及相关案件的补充侦查。办理各人民检察院管辖的相关刑事申诉案件。
3、第三检察部
主要职责：负责对看守所等执法活动的监督，对刑事判决、裁定执行、强制医疗执行、羁押和办案期限的监督，办理罪犯又犯罪监督案件。负责由林区分院交办的司法工作人员利用职权实施的非法拘禁、刑讯逼供、非法搜查等侵犯公民权利、损害司法公正犯罪案件线索的收集和调查核实。办理各人民检察院管辖的相关刑事申诉案件。
4、第四检察部
主要职责：负责办理向各人民检察院申请监督、提请抗诉的民事与行政案件的审查。承办对应的同级基层法院民事与行政诉讼活动的法律监督，对审判监督程序以外的其他民事与行政审判程序中审判人员的违法行为提出检察建议，对民事与行政执行活动实行法律监督，负责提请抗诉和提出再审检察建议。开展民事支持起诉工作。办理相关民事与行政申诉案件。
5、第五检察部
主要职责：负责办理法律规定由各人民检察院办理的破坏生态环境和资源保护及所辖区域的森林、林地、湿地、野生动(植)物、水源地等领域、食品药品安全领域侵害众多消费者合法权益等损害国家利益、社会公共利益的民事公益诉讼案件。办理生态环境和资源保护及所辖区域的森林、林地、湿地、野生动(植)物、水源地等领域、食品药品安全、国有财产保护、国有土地使用权出让等领域的行政公益诉讼案件。办理侵害英雄烈士姓名、肖像、名誉、荣誉的公益诉讼案件。负责对应同级人民法院开庭审理的公益诉讼案件，派员出席法庭。依照有关规定提出检察建议。办理相关公益诉讼申诉案件。
6、综合业务部
主要职责：负责受理向各人民检察院的控告和申诉，承办各人民检察院管辖的国家赔偿案件和国家司法救助案件。负责办理12309检察服务中心、公益损害与诉讼违法举报中心业务，受理向各人民检察院提出的申诉，受理公益损害、诉讼违法举报、控告线索。负责案件的统一受理流转、办案流程监控、涉案财物监管、法律文书监管、案件信息公开，统一组织案件质量评查、业务考评和业务统计分析研判，负责业务信息化需求统筹，指导本院统一业务应用系统的应用。管理检察官司法档案。审查提请检察委员会讨论决定的案件、业务指导制度提出审查意见,办理检察委员会决定的督办等检察委员会日常工作。组织开展调查研究与检察工作有关的法律、法规、政策的执行情况，提出意见和建议，承办司法解释建议、推荐指导性案例，检察业务工作文稿起草工作，办理主要业务机构重要文稿的核稿工作，组织并指导开展检察理论研究工作。组织开展人民监督员工作。
7、办公室
主要职责：负责机关文电、会务、机要、档案、保密等工作。协助院领导处理检察政务，组织协调本院重要工作部署、重大决策的贯彻实施。起草审核相关文件文稿，处理检察信息，编发内部刊物。负责人大代表联络和特约检察员联系工作。负责院领导同志批办事项的督查工作。规划、实施本院应用和管理检察信息化、智慧检务工作建设与应用。制定、实施本院检察机关预决算编报计划、财务经费调配管理、装备规划，管理本级财务、国有资产、政府采购等工作，负责管理机关服务保障社会化工作，负责枪械、交通工具、固定资产等统一管理和机关行政管理、后勤服务、安全保卫等工作。
8、政治部
主要职责：政治部(保留司法警察大队牌子)根据干部管理权限，协助院党组制定和落实本机关党的政治思想建设、组织建设、作风建设、干部队伍建设等相关政策措施，开展具有检察特色的思想政治工作。依法管理本院检察官以及其他检察人员的工作，协同上级主管部门依法管理机构设置及人员编制，落实相关人员管理办法及工资津贴工作，落实基层人民检察建设规划和相关政策措施。组织开展本院工作目标管理考评、组织开展表彰奖励工作。负责新媒体运行、管理，负责开展检察宣传、意识形态和检察文化等新闻宣传、舆论引导工作相关事宜，对本辖区涉检网络舆情监测管控。负责制定落实本院干警教育培训、学习型机关建设等工作，落实上级院组织的调训工作。承担对执行法律、法规和最高人民检察院、黑龙江省人民检察院、黑龙江省人民检察院林区分院规定、决定的情况进行督察，承担所属检察官惩戒委员会具体工作。负责协助党组管理检察室，管理司法警察大队、离退休干部等工作。